Banyak orang yang selama ini salah memahami ekonomi politik, seolah-olah ekonomi politik itu sama dengan politik ekonomi. Bahkan cenderung dalam pendefinisian ekonomi politik diartikan secara kata perkata atau digunakan untuk menganalisa dua bidang kajian yaitu ekonomi dan politik. Padahal analisa ekonomi politik bukanlah analisa yang mendikotomikan antara ekonomi dan politik karena keduanya tidak bisa dipertemukan.
Wilayah kajian ekonomi dan politik terpisah jauh sehingga sulit untuk menyatukan dua bidang tersebut. Menurut Erani perbedaan terpenting dari pendekatan ekonomi politik dan ekonomi murni adalah dalam pandangannya tentang struktur kekuasaan yang ada dalam masyarakat.
Struktur kekuasaan akan mempengaruhi pencapaian ekonomi, sebaliknya ekonomi murni menganggap struktur kekuasaan didalam masyarakat adalah given. Ekonomi politik memiliki cara pandang yang berbeda dengan ekonomi murni. Karena itu menurut Caporaso ketika ilmu politik dan ilmu ekonomi disatukan secara konseptual, maka ekonomi politik tidak dapat lagi dipandang sebagai hubungan antara dua jenis telaah yang berbeda.
Karena itu secara umum kajian ekonomi politik adalah mengaitkan seluruh penyelenggaraan politik , baik yang menyangkut aspek, proses maupun kelembagaan dengan kegiatan ekonomi yang dilakukan oleh masyarakat maupun yang di introdusir oleh pemerintah. Karena itu harus dipahami bahwa pendekatan ini meletakan bidang politik subordinat terhadap ekonomi, artinya bahwa instrument-instrumen ekonomi seperti mekanisme pasar, harga dan investasi dianalisa dengan mempergunakan setting politik dimana kebijakan atau peristiwa ekonomi tersebut terjadi.
Yang dipelajari dalam ilmu ekonomi politik adalah bagaimana sistem kekuasaan dan pemerintahan dipakai sebagai instrument atau alat untuk mengatur kehidupan sosial atau sistem ekonomi. Proses ekonomi dengan pendekatan seting politik ini tidak bisa dilakukan dengan pendekatan politik maupun pendekatan ekonomi.
Fokus dari studi ekonomi politik adalah fenomena-fenomena ekonomi secara umum, yang bergulir serta dikaji menjadi lebih spesifik, yakni menyoroti interaksi antara faktor-faktor ekonomi dan faktor-faktor politik. Namun, dalam perkembangan yang berikutnya, istilah ekonomi politik selalu mengacu pada adanya interaksi antara aspek ekonomi dan aspek politik.
Pendekatan ekonomi politik yang lebih komprehensif ini justeru menjadi daya tarik tersendiri bagi ilmu ekonomi politik. Bahkan banyak pakar yang menganggap pendekatan ekonomi politik lebih baik, terutama dalam menganalisa peristiwa dan fenomena yang tinggi kadar campuran ekonomi dan politiknya.
